Instituído pela Lei Municipal nº 2.258/84, o Museu Municipal José Raphael Toscano de Jahu sucedeu o antigo Museu Histórico e Pedagógico “Jorge Tibiriçá”. Inaugurado em 29 de agosto de 1975, o prédio – com caraterísticas arquitetônicas únicas e sua planta em formato de “H”, foi residência do Dr. Lopes Rodrigues, sendo herdado logo depois pelo casal Francisco Claudio de Almeida Prado e Lúcia Penteado de Almeida Prado. Eles não tiveram filhos e, por isso, quando faleceram, esse espaço foi adquirido pela Prefeitura de Jahu que, por sua vez, o destinou para abrigar o legado histórico, artístico e cultural da nossa cidade e região.

Em 1984, o espaço passou por adequações para melhor abrigar seu acervo. Com a reabertura da nova fase no ano de 1987, momento que o nome foi alterado e homenagem feita ao jauense José Raphael Toscano, o acervo passou a ser apresentado de maneira mais didática e livre, com salas temáticas voltadas à história e fauna local, povos originários e escravizados, o auge cafeeiro, casa de barrote, Revolução de 1932, o Centenário do município em 1953, obras de arte - especialmente retratos de autoridades locais e nacionais realizados por artistas renomados - e demais objetos históricos e artísticos.

Nos anos 1990, um prédio anexo foi incorporado: o Arquivo Histórico Municipal. O espaço foi reservado para abrigar toda a coleção do Museu desde a fundação da cidade em 1853, composta por Processos de Inventário, documentos históricos diversos, fotos, revistas, pinturas, objetos, mapoteca e todas as edições do Jornal O Comércio do Jahu. Possui uma biblioteca histórica própria, com livros e monografias específicos e raros de autores jauenses.
Já em 2001, uma homenagem ao herói jauense Comandante João Ribeiro de Barros foi realizada e  uma sala especial criada especialmente para abrigar itens do primeiro aviador das Américas a realizar a travessia do Atlântico Sul em 1927, feita sem apoio marítimo.

Atualmente, o Museu Municipal José Raphael Toscano de Jahu encontra-se com uma nova reforma, não apenas com o intuito de reestruturar sua parte física do espaço museal, como também sua expografia, na busca para torná-lo mais inclusivo e acessível. Seguindo uma tendência atual na Museologia, as mudanças visam transformar essa instituição em um bem de utilidade de fato pública, inclusiva e acessível. Novas atividades estão em processo de criação, para atrair ainda mais o povo jauense e da região, mostrando que este é feito para eles e agora, também, com e por eles. A exposição permanente está em processo de adaptação aos novos moldes pelo que se entende de museu nos dias de hoje, a fim de manter viva a memória, a história e identidade da cidade de Jahu.